提供国内航班登机手续办理、收运旅客行李服务，国际航班的进出港的联检申报、登机手续办理、行李收运服务，中转服务。

在T4候机楼国内出发厅8、10号门入口处，设有16台自助值机设备，为没有托运行李的旅客提供快捷便利的登机牌办理服务。

为方便旅客从厦金航线往返海峡两岸，厦门航空港和厦门五通码头联合推出“海空联运”服务，从乘船到乘机紧密衔接，让您的旅途顺畅舒适。航空联运在码头的值机柜台，可以提供订票、售票服务，销售国内国际各大航空公司的机票，并可在机场行前取票。可以机场信息查询，为旅客提供准确的航班、特色服务等综合信息。可以办理乘机手续，在旅客下船，通过联检后，可直接在隔离厅的专用柜台内换取登机牌，并可以托运并安检行李，在到达层提供专用的穿梭巴士，将旅客直接送往机场，旅客到机场后就可以直接登机。